办公室：负责机关日常运转，承担综合协调、督办、文电会务、机要保密、档案、机关财务资产管理、信访、安全保卫、后勤保障等工作。

组织人事部：负责统筹指导全省科协系统组织建设工作。承担全省科协系统人才工作，组织评选表彰优秀科技工作者，举荐科技人才。负责机关和所属事业单位的干部人事、机构编制、教育培训、离退休干部、统战等工作。负责科学技术协会代表大会代表、委员、常委、副主席、主席等推选及联络服务工作。负责政协科协界别委员、来琼院士和候鸟人才等联络服务工作。

宣传文化部：承担全省科协系统新闻宣传、法治和普法工作。组织开展科学家精神宣传、全国科技工作者日活动、科技志愿服务相关工作。宣传优秀科技工作者，推进创新文化建设。推进科技伦理、科学道德和学风建设。分析研判科技界舆情动态。指导海南省反邪教协会和各市县反邪教协会工作。

科学技术创新部：组织推进学会改革和科技社团建设，负责主管学会、科技社团及民办非企业科技组织党的建设、日常监督管理和服务工作。指导开展学术交流活动，组织协调综合性重点学术交流合作。负责有关科技期刊的业务指导和管理工作。负责全省自然科学研究系列职称评审工作。推动科技成果转化等有关工作。

科学技术普及部：协助政府有关部门制定科普工作政策和规划，承担全民科学素质行动规划纲要实施的综合协调工作。指导主管学会和市县科协科普工作，组织开展科普活动和青少年科技教育活动。指导全省科协系统科普设施、场所的规划、建设和管理工作。负责重点科普项目、科技培训、科技助农。 

规划发展部：负责省科协系统决策咨询和智库建设。反映科技工作者的建议、意见和诉求，维护科技工作者合法权益。组织拟订省科协事业发展规划和计划，组织开展省科协系统调查研究和统计等工作。

国际合作部：承担省科协系统对外交流合作工作。联络服务海外科技人才来琼创新创业。组织在琼科技工作者参与国际科技组织事务，推动在琼科技工作者与港澳台地区科技界及国外科技团体、科技工作者的民间交往和联系。推动在海南设立国际科技组织。 

机关党委：负责组织推动机关和所属事业单位党建任务落实。协调党组加强对机关工会、共青团、妇女组织等群团工作的领导，完善制度机制，推动群团组织依法依规开展工作。设立机关纪委，协助党组推进全面从严治党，坚持聚焦主责主业，履行工作职责。